No es de extrañar que, a pesar de su fuerte constitución campesina, su salud se quebrantara. Desde una fuerte caída en su salud a fines de 1825, arrastró durante 15 años, hasta su muerte, una gran debilidad de estómago que, amén de fuertes dolores, lo obligaba a privarse a menudo de todo alimento pues le resultaba intolerable. Añádase a esto las múltiples contrariedades, sobre todo en los comienzos de su obra, pues hasta sus colegas sacerdotes lo tildaban de orgulloso, de obrar por vanidad de ostentar el título de fundador; hasta lo consideraron loco y falto de toda prudencia (incluso su confesor y director espiritual lo abandonó). Ciertamente, considerada desde el solo espíritu humano, su acción no podía menos de sorprender y escandalizar. Pero Marcelino Champagnat era hombre de fe y de una profunda humildad. Puso toda su confianza en Dios y en María a quien llamaba Nuestra Buena Madre, y cuando - con la venia de sus superiores los Obispos - juzgaba que se trataba de la voluntad de Dios, nada ni nadie podía detenerlo.